Po wybudowaniu świątyni Parafia rozpoczęła działalność w znacznie większym zakresie niż dotychczas. Utrzymywała się z darowizn oraz własnych dochodów, na które składały się opłaty za korzystanie z gruntów kościelnych, opłat za rezerwację miejsc w świątyni, opłaty za pochówki oraz przychody ze sprzedaży zebranych owoców i warzyw z przykościelnego ogrodu.
Zorganizowanie ewangelickiej Parafii wokół kościoła wymagało jednak opracowania pewnych zasad, jakie musiały odtąd obowiązywać. Z tego powodu opracowano oprócz cennika opłat, instrukcję porządkową, zatytułowaną „Die Instructio und Ordung der Evangelischen Kirchen von der Koeniglichen Stadt Jauer wie Sie Herren Niedergesessen Deputirten den 10 Februarii Anno Christi 1655 aufgesezet und volzogen worden”.
Ten swoisty regulamin składał się z 47 artykułów i regulował zarówno porządek liturgiczny jak i ustalał strukturę kościoła, porządek odprawiania nabożeństw i muzyki, zasady katechizacji, zasady udzielania sakramentów, regulował zasady dyscypliny kościelnej, precyzował obrządek zawierania ślubów i organizowania pogrzebów wreszcie regulował kwestie finansowe dotyczące dochodów kościelnych, patronatu i dostojników.
W regulaminie między innymi ustanowiono jednego „Pastora Primariusa” (proboszcza), dwóch diakonów. Uznał „Mały katechizm” Marcina Lutra za obowiązujący podręcznik katechizacji.
Zdecydowanie najtrudniejszym czasem dla ewangelików Jawora i okolicy były czasy panowania Leopolda I, który wstąpił na tron w 1657r. Starosta jaworski, jak również władze miejskie prześcigały się wówczas w realizowaniu przepisów wymierzonych przeciw ewangelikom, licząc na przychylność panującego. To właśnie wtedy nakazano obchodzić ewangelikom „Boże Ciało” a także uroczystości św. Marcina, patrona miasta. Żądania te zostały odrzucone. Starosta zabronił również np. odwiedzin chorych mieszkających poza Jaworem, przez co musiano chorych potrzebujących komunii przywozić często wiele kilometrów na wozach.
Pierwszy opis kościoła i jego terenu pochodzi z 1667 roku. Do Parafii dołączono wiele miejscowości: Stary Jawor, Brachów, Żarek (dziś nieistniejący), Jakuszową, Myślibórz i Luboradz. Kolejno dołączono inne. Pierwsze 50-lecie od czasu wzniesienia murów Kościoła Pokoju upływa ewangelikom nie tylko na modlitwie, ale także na stałej pracy przy uzupełnianiu elementów budowlanych kościoła i jego wystroju.
Pokój westfalski przyniósł spokój całej ziemi śląskiej. Obraz zniszczeń i upadku gospodarczego wielu miast był przerażający. Pokojowe ustępstwa cesarskie dla ewangelików nie trwały długo. Kościół katolicki przystąpił do ostrego zwalczania ewangelickich Parafii na terenie Śląska. Nie pomogła konwencja altransztadzka z 1707 roku, według której cesarz miał przywrócić swobody religijne w księstwach do niedawna piastowskich. Wskutek rosnącego oporu ewangelików, cesarz Józef I wydał 27 stycznia 1709 roku pozwolenie na wzniesienie wież dla kościołów w Głogowie, Świdnicy i w Jaworze. Wyraził też zgodę na budowę sześciu nowych protestanckich świątyń, zwanych później Kościołami Łaski. Ewangelicy wznosili także szkoły dla swoich dzieci. Początkowo funkcjonowały przy Kościołach Pokoju w Jaworze, Świdnicy, Głogowie.
W czasie wojen śląskich, kiedy Prusy zamierzały odebrać Austrii zamożny Śląsk, Jawor razem z całością ziem nadodrzańskich przechodził kolejno z rąk pruskich do austriackich. W rezultacie na mocy ustaleń układu pokojowego wrocławsko-berlińskiego z 1742 roku, Jawor pozostał miastem pruskim. Choć dla ewangelików nastawała długo oczekiwana wolność, to nie zwrócono im wcześniej odebranych kościołów. Fryderyk Wielki nie chciał otwartego konfliktu z Kościołem rzymskokatolickim, co nadawałoby tej wojnie charakter religijny. Stąd widoczne było umiarkowanie protestanckiego władcy względem katolików, przynajmniej do czasu ostatecznego zwycięstwa i opanowania Śląska. Życie stopniowo wracało do normy i już w 1762 roku liczba mieszkańców Jawora wzrosła do 3000 osób. Ranga Kościoła Pokoju wzrosła, gdy w 1743 roku utworzono jaworską superintendenturę, na czele której stał inspektor kościelny. Stanowisko to piastował jako pierwszy ks. Christian Gottfried Walther. Zarządzał on okręgiem kościelnym. W 1750 roku uroczyście obchodzono 50 rocznicę budowy świątyni. Z tej okazji wydano w jaworskiej drukarni dzieło Johana Georgia Liebiga o 50-letniej historii kościoła. Zawierało ono życiorysy pierwszych proboszczów, ich wystąpienia, opisy wyposażenia kościoła oraz przykościelnego cmentarza. W roku 1763 w jaworskiej drukarni ukazało się Pismo św. Starego i Nowego Testamentu w przekładzie M. Lutra. Była to pierwsza na Śląsku Biblia luterańska wydana w całości.
Z większym rozmachem obchodzili jaworzanie uroczystość 100 – lecia wybudowania świątyni w 1755 r. Z tej okazji został wybity medal, na rewersie którego umieszczono napis „ W setną rocznicę poświęcenia swojego Domu Bożego ewangelicka Parafia w Jaworze przynosi w Trójcy Jedynemu Bogu chwałę i podziękowanie”. Obchody poprzedzono kolejnymi pracami w Kościele Pokoju. Georg Flegel z Kowar wraz ze swoimi współpracownikami wykonali ogromną pracę, malując na sosnowych ścianach zabezpieczających empory II i IV kondygnacji aż 143 obrazy o tematyce biblijnej. W okresie do 1710 r. pokryto malowidłami biblijnymi I i II emporę. Na obchody 100 – lecia kościół był należycie przygotowany. Uroczyście obchodzono co kolejne 50 lat następne jubileusze. W 1855r. jubileusz poprzedziła uroczysta sesja Rady Miasta a z ratuszowej wieży rozbrzmiewała słynna ewangelicka pieśń „Gdybym języków miał tysiące…” Z tej okazji przeprowadzono również ostatni wielki remont wnętrza kościoła. Ze względu na opóźnienia związane z remontami konstrukcji kościoła, opóźnił się jubileusz 250- lecia i obchodzono go uroczyście 31 października 1906 r., a jubileusz zaszczycił swoją obecnością następca tronu Fryderyk Wilhelm. Wizyta znanej osobistości przyczyniła się do wybicia pamiątkowego medalu przedstawiającego wizerunek kościoła. Od tego czasu przyjęło się również nazywać ewangelicki kościół pw. Ducha Świętego – Kościołem Pokoju.
W 1890 roku Jawor liczył 11576 mieszkańców, w tym 7932 ewangelików, 3494 katolików, 99 Żydów i 51 bezwyznaniowców. Wiek XX przyniósł w życiu Parafii wiele wydarzeń.
Na początku XX wieku duszpasterze ewangeliccy, oprócz gminy miejskiej, obsługiwali także wsie oraz garnizon wojskowy, pełnili także funkcje inspektorów szkolnych edukacyjnych placówek. W niedzielę odprawiano dwa nabożeństwa w mieście oraz w poszczególnych wioskach. Oprócz tego odbywały się chrzty, śluby, nabożeństwa w więzieniu. W tej sytuacji w parafii funkcjonowało trzech pastorów. Podobna sytuacja występowała na obszarze Śląska. W 1910 roku przeszło cztery piąte (81,2%) tutejszych mieszkańców stanowili ewangelicy, a niespełna jedna piąta (18%) przypadała na rzymskich katolików.
Wybuch I wojny światowej spowodował wymarsz 154 Pułku Piechoty z Jawora. Wojska wyruszyły na front zachodni, walczyły w Belgii, brały udział w bitwie pod Verdun. Z wojny nie powróciło około 3000 żołnierzy, w tym większość poległych była wyznania ewangelickiego. Po wojnie życie mieszkańców miasta i parafii ewangelickiej powoli wracało do normy. Z lat 30-tych XX wieku zachowały się dane statystyczne, opracowane przez parafię ewangelicką, a dotyczące ilości wiernych. Wynika z nich, że w okresie 1931–1938 ochrzczono 2001 dzieci, konfirmowano 1688 osób, udzielono małżeństw 802 parom, wyznanie ewangelickie przyjęło 336 osób, pochowano 1368 osób. Do 1945 roku kościół wraz z cmentarzem i budynkami towarzyszącymi parafii stanowił odrębny kompleks kościelny, po którym pozostały bardzo nikłe ślady.
Wybuch II wojny światowej odcisnął piętno na ziemi jaworskiej. Przesuwający się w kierunku Berlina II Front Ukraiński przebiegający przez Jawor, pozostawił po sobie zrujnowane miasto, wielu zabitych Niemców, głównie ewangelików. Kościół Pokoju w Jaworze jednak nie uległ zniszczeniu. Dziennik „Urzędowe Wiadomości Prezydium Ewangelickiego Kościoła na Dolny i Górny Śląsk” z dnia 4 września 1945 roku zamieścił uspokajającą wiernych informację. Wynikało z niej, iż Wojewoda, w trakcie spotkania w Legnicy, zapewnił, że dopóki na terenie tzw. Ziem Odzyskanych będzie przebywała ludność niemiecka, to kościoły i domy parafialne będą ich własnością. Pełnomocnictwo Rządu na Okręg Administracyjny Dolnego Śląska, w dniu 10 grudnia 1945 roku, potwierdziło, że majątek kościelny jest własnością gminy ewangelickiej i ma prawo być przez nią zarządzany.
W 1945 roku w skład obsady parafii wchodziło 26 osób: 1 proboszcz, 1 organista, 1 pomocnica, 3 inspektorów szkolnych, 2 dzwonników, 4 grabarzy, 5 pracownic, 2 diakonów i 2 siostry Czerwonego Krzyża. Ostatni przedwojenni i wojenni księża: Rumpf, Kruegler i Krehl wyjeżdżają w lutym 1945 r. Do grudnia 1945 roku proboszczem był Martin Roye, a następnie przez około rok ks. Menzel. Szczęśliwie działania wojenne omijają Kościół Pokoju