Wie­ści o dzia­łal­no­ści Mar­ci­na Lutra dotar­ły w oko­li­ce Jawo­ra bar­dzo szyb­ko. Już rok po wystą­pie­niu Refor­ma­to­ra w nie­da­le­kim Nowym Koście­le (Neu Kirch an der Kat­zbach) w posia­dło­ści Zedlit­zów, uczeń Lutra, Mel­chior Hof­mann wygło­sił pierw­sze na Ślą­sku kaza­nie w duchu ewan­ge­lic­kim.

Pierw­szym ewan­ge­lic­kim kazno­dzie­ją w Jawo­rze był Samu­el Fren­zel. Swo­je kaza­nia gło­sił od 1525 roku w koście­le św. Mar­ci­na. Nabo­żeń­stwa odby­wa­ły się za zgo­dą kato­lic­kie­go pro­bosz­cza. Refor­ma­cja obję­ła tak­że pobli­skie Jawo­ro­wi wio­ski i to znacz­nie wcze­śniej, bo już od 1520 roku. Jako pierw­szy wpro­wa­dził ją w Lipie Bar­thel Zedlitz, kolej­no refor­ma­cja obję­ła:  Pru­si­ce, Pomoc­ne, Sichów, Pio­tro­wi­ce, Sno­wi­dzę, Paszo­wi­ce, Mału­szów, Godzi­szo­wą, Mści­wo­jów i Lubo­radz.

Od roku 1551 sto­sun­ki mię­dzy ducho­wień­stwem kato­lic­kim a ewan­ge­lic­kim ule­gły pogor­sze­niu. Powo­dem było pra­wo patro­na­tu, tj. obsa­dza­nia sta­no­wi­ska pro­bosz­cza  w koście­le Św. Mar­ci­na. To pra­wo nale­ża­ło do Rady miej­skiej Jawo­ra. Rada Mia­sta była już wów­czas ewan­ge­lic­ka. Kato­lic­ki pro­boszcz Mar­cin Tit­ze był już w pode­szłym wie­ku i zamie­rzał na swój urząd  pro­bosz­cza pozo­sta­wić duchow­ne­go nie­przy­chyl­ne­go nowin­kom. Rada mia­sta typo­wa­ła ewan­ge­lic­ko uspo­so­bio­ne­go, byłe­go wika­re­go Kry­stia­na Zeidle­ra. Mię­dzy obie­ma stro­na­mi nie osią­gnię­to poro­zu­mie­nia. Ewan­ge­li­cy zmu­sze­ni byli odby­wać nabo­żeń­stwa w pobli­skich Pio­tro­wi­cach. Po śmier­ci Tit­za w 1562 roku doszło do kon­flik­tu Rady Mia­sta  z kato­lic­kim  bisku­pem wro­cław­skim Kaspa­rem, któ­ry mia­no­wał pro­bosz­czem Jerze­go Fabe­ra. Rada ode­bra­ła ten fakt jako zamach na pra­wo patro­na­tu.  Z tego powo­du  kościół zamknię­to w lip­cu 1564 roku. Fakt ten wyko­rzy­sta­ła rada powo­łu­jąc na sta­no­wi­sko pro­bosz­cza Joha­na Kurt­ze­ra bez zgo­dy bisku­pa wro­cław­skie­go. Jego następ­cą został L. Pro­fe, ordy­no­wa­ny w Wit­ten­ber­dze.

Bisku­pi wro­cław­scy aż do 1580 roku uwa­ża­li się za zwierzch­ni­ków pasto­rów. Sytu­acja ule­gła zmia­nie po ogło­sze­niu przez Synod Die­ce­zji Wro­cław­skiej, że kato­li­cy  i ewan­ge­li­cy nie mogą  nale­żeć do jed­ne­go kościo­ła. Sytu­acja zmie­nia się dia­me­tral­nie wraz z wybu­chem woj­ny trzy­dzie­sto­let­niej w 1618r.

Wybuch woj­ny trzy­dzie­sto­let­niej przy­niósł upa­dek gospo­dar­czy miast i wsi Ślą­ska, zmia­nie ule­gła sytu­acja kościo­łów obu wyznań i lud­no­ści. Ich los zale­żał teraz od tego, jakie wyzna­nie pre­fe­ro­wał dowód­ca wojsk sta­cjo­nu­ją­cych w danej miej­sco­wo­ści.

Woj­na trzy­dzie­sto­let­nia spu­sto­szy­ła teren mia­sta. Znacz­na część lud­no­ści wygi­nę­ła w toku dzia­łań wojen­nych. Wie­lu miesz­kań­ców kry­ło się na tere­nach wiej­skich i w lasach przed ata­ka­mi obu wal­czą­cych stron. Koniec woj­ny przy­niósł obraz znisz­czeń i upad­ku gospo­dar­cze­go ślą­skich miast. Jawor stra­cił więk­szość miesz­kań­ców a nie­któ­re miej­sco­wo­ści w jego rejo­nie cał­ko­wi­cie się wylud­ni­ły. Wystą­pił też brak duchow­nych ewan­ge­lic­kich, co sta­ło się przy­czy­ną nie obsa­dza­nia urzę­du pasto­ra w latach 1650–1653. Pro­te­stan­ci nie posia­da­li swo­je­go kościo­ła. Był to okres, w któ­rym kościół św. Mar­ci­na został zwró­co­ny kato­li­kom. W tej sytu­acji ewan­ge­li­cy zabie­ga­li o uzy­ska­nie zezwo­le­nia na budo­wę wła­snej świą­ty­ni. Ofi­cjal­nie pozwo­le­nie na to przed­się­wzię­cie otrzy­ma­li w 1652 roku. Budo­wa Kościo­ła Poko­ju zapo­cząt­ko­wa­ła nowy okres w dzie­jach ewan­ge­lic­kiej Para­fii. Wróć­my jed­nak na krót­ko do począt­ków woj­ny trzy­dzie­sto­let­niej.

W  1620 roku kal­wiń­ski wład­ca Fry­de­ryk V ode­brał  hołd Ślą­ska we Wro­cła­wiu, jed­nak w bitwie pod Bia­łą Górą stra­cił całe woj­sko i koro­nę a sam schro­nił się  na tere­nie Ślą­ska, potem kolej­no w Ber­li­nie i w Holan­dii. Pro­te­stan­ci ponie­śli  klę­skę  a  Habs­bur­go­wie uzna­li  zdo­by­ty kraj wraz ze Ślą­skiem  jako swo­je tery­to­rium dzie­dzicz­ne. Ponow­nie zapa­no­wał  kato­li­cyzm. Pro­te­stan­tom zaka­za­no odpra­wiać nabo­żeń­stwa, orga­ni­zo­wać Para­fie. Woj­na ogar­nę­ła  całe Niem­cy  i zdo­by­te zie­mie cze­skie ze Ślą­skiem. Cesarz mia­no­wał głów­nym dowód­cą swo­ich wojsk – Albrech­ta Wal­len­ste­ina, boga­te­go magna­ta  z  Czech.  W  krót­kim  cza­sie Wal­len­ste­in zwer­bo­wał armię łożo­ną  z  20 000  woj­ska i w kwiet­niu 1626 roku zwy­cię­żył pro­te­stanc­kie­go wodza Mans­fel­da. Zwy­cię­żo­ny Mans­feld przez Śląsk wyco­fy­wał się na Węgry.  Za nim podą­żył w pości­gu Wal­len­ste­in dając się cięż­ko we zna­ki ewan­ge­li­kom Zło­to­ryi, Jawo­ra i Świd­ni­cy. Woj­sko Mans­fel­da roz­pro­szy­ło się  na tere­nie Węgier a Wal­len­ste­in pod­jął wal­kę na tere­nie Nie­miec obie­ra­jąc sobie na okres sied­miu mie­się­cy  Dol­ny i Środ­ko­wy Śląsk na miej­sce posto­ju. Śląsk poniósł z tego powo­du  stra­ty w wyso­ko­ści pię­ciu milio­nów duka­tów.

Jawor podob­nie jak inne mia­sta prze­żył repre­sje za popar­cie ewan­ge­li­cy­zmu. Nawra­ca­no miesz­kań­ców na kato­li­cyzm siłą. W 1629r. opu­ścił mia­sto ewan­ge­lic­ki  pro­boszcz Adam Hent­schel. W 1632 roku  na Śląsk wkro­czy­ły oddzia­ły szwedz­kie Gusta­wa Adol­fa. Zaję­ły Jawor wpro­wa­dza­jąc na urząd pro­bosz­cza Kaspra Titu­sa. Po  czte­rech latach musiał on ucie­kać przed woj­skiem cesar­skim. W 1638 roku na  roz­kaz cesa­rza Fer­dy­nan­da III  sta­ro­sta Księ­stwa   Jawor­sko – Świd­nic­kie­go Georg Stah­ren­berg oddał budyn­ki klasz­tor­ne ponow­nie zako­no­wi ber­nar­dyń­skie­mu. W roku 1646 Szwe­dzi ponow­nie obsa­dzi­li pro­bo­stwo  oso­bą duchow­ne­go ewan­ge­lic­kie­go Wol­fgan­ga Feren­za Wśród lokal­nej spo­łecz­no­ści  powsta­wa­ło poczu­cie  soli­dar­no­ści, obja­wia­ją­ce się  w nie­sie­niu sobie wza­jem­nej pomo­cy – na bestial­skie zacho­wa­nie wojsk obu wal­czą­cych stron wobec miesz­kań­ców Jawo­ra, nie­za­leż­nie od wyzna­nia.

Nad­szedł koniec woj­ny. Na zie­mi ślą­skiej pozo­sta­ły ruiny i zglisz­cza. W dniu 24 paź­dzier­ni­ka 1648 roku zawar­to pokój mię­dzy wal­czą­cy­mi stro­na­mi w dwóch west­fal­skich mia­stach:  kato­lic­kim Mun­ster i pro­te­stanc­kim Osna­bruck.  Pokój nie­wie­le zmie­nił w pozy­cji ewan­ge­li­ków, ponie­waż powró­co­no do zasa­dy „cuius regio eius reli­gio” z 1555r. W Księ­stwach: Gło­gow­skim i Świd­nic­ko – Jawor­skim, któ­re były zie­mia­mi dzie­dzicz­ny­mi Habs­bur­gów, przy­zna­no pra­wo wol­no­ści wyzna­nia, lecz nie kul­tu. Arty­kuł 5 § 40 poko­ju west­fal­skie­go mówił, że „Jego Wyso­kość” może zezwo­lić na wznie­sie­nie ewan­ge­lic­kiej świą­ty­ni poza mura­mi mia­sta i na ich- ewan­ge­li­ków- koszt.